Merhaba
DB manual oluşturduğunuzda http://communities.vmware.com/thread/438049 konusunda yaşadığım ve sorununu çözdüğüm mesajdaki linkten asıl kullanmanız gereken scripte ulaşabilirsiniz.
http://plain-virt.blogspot.com/2012/09/vcenter-51-with-sso-installation.html
Burdaki yönergelere göre db nizi oluşturup kullanabilirsiniz. Tavsiyem MS SQL 2008 R2 kullanmanız yönündedir.
Diğer sorun ise domaininizdeki discover servisinin doğru şekilde çalışmadığını ifade ediyor. Muhtemelen primary dc ile additional dc arasında senkronizasyon sorunları da yaşıyor olabilirsiniz.
Domain controllerda loglara bakıp ilk önce domaininizin doğru çalıştığından emin olduktan sonra vcenter kurulumunu yapmanızı tavsiye ederim.